La deframmentazione periodica del disco fisso è un'operazione che è bene non dimenticarsi di effettuare. Immaginate di avere un disco fisso "pulito". Inizialmente i dati vengono memorizzati, ordinatamente, in maniera sequenziale all'interno del disco fisso stesso. Tuttavia, quando si cominciano a cancellare alcuni dei file già memorizzati e a memorizzarne dei nuovi, si creano degli spazi vuoti nel disco fisso. Via a via che il disco fisso si riempie, i nuovi file verranno salvati in parte all'interno di tali spazi vuoti, in parte in altre zone del disco. Il risultato è che un singolo file può risultare spezzato (frammentato, appunto) in numerose parti. Per migliorare le performance del disco e diminuirne le sollecitazioni meccaniche, è quindi effettuare, quando serve, un'operazione di deframmentazione. Mentre le versioni dell'Utilità di deframmentazione dischi offerte in Windows 9x/ME lasciavano alquanto a desiderare, in Windows 2000/XP Microsoft ha introdotto una versione ridotta del pluripremiato Diskeeper, prodotto sviluppato da Executive Software che permette di deframmentare rapidamente, efficientemente ed efficacemente, tutte le unità disco. L'utilità è avviabile cliccando su Start, Programmi, Accessori, Utilità di sistema, Utilità di deframmentazione dischi.
Il pulsante Analizza consente di ottenere informazioni sullo stato di frammentazione dell'unità disco o della partizione selezionata: in questo modo si può stabilire se l'unità necessita o meno di una deframmentazione. In particolare, Visualizza rapporto mostra dettagli sul livello di frammentazione, sulla struttura del disco, sui file che risultano più frammentati. Cliccando sul pulsante Deframmenta è possibile avviare l'operazione di defrag.
Diskeeper Lite è la versione gratuita del famoso programma di Executive Software. Particolarmente indicato per i sistemi Windows 9x/ME, si tratta di un'utility che - esattamente come la versione inclusa in Windows 2000/XP - prevede esclusivamente interventi manuali da parte dell'utente: le funzionalità di scheduling (esecuzione automatica delle operazioni di deframmentazione) e quelle di rete, integrate nelle versioni a pagamento, sono qui disattivate. La versione lite, inoltre, opera con priorità normale: ciò significa che durante la deframmentazione il sistema potrebbe risultare pressoché inutilizzabile (a differenza delle versioni complete che lavorano senza problemi in background). Diskeeper Lite si rivela comunque un'ottima soluzione soprattutto per i sistemi che utilizzano versioni datate di Windows.

Sul versante shareware citiamo VoptXP, programma dotato di un'interfaccia compatta e funzionale e di un buon numero di funzioni: nella parte superiore della finestra principale, il programma visualizza il quantitativo di spazio occupato su disco fisso (o sulla partizione selezionata) e la percentuale di frammentazione dello stesso. Le icone a forma di freccia (su/giù) consentono di scegliere un altro disco fisso od un'altra partizione; l'icona sulla sinistra di avviare la deframmentazione; quella sulla destra di analizzare il disco fisso controllandone lo stato di frammentazione. Sempre nella parte superiore della finestra, poco più a destra, vengono indicati il file system utilizzato (FAT, FAT32, NTFS), le dimensioni del disco o della partizione, lo spazio libero a disposizione, il numero di file e cartelle salvati su disco, il numero dei file frammentati, lo spazio destinato alla gestione del Cestino di Windows, all'utilità Ripristino configurazione di sistema (System Restore), alla memorizzazione dei file temporanei. L'area più ampia della finestra principale, visualizza graficamente lo stato del disco fisso o della partizione: i file memorizzati vengono rappresentati con colorazioni diverse a seconda della loro tipologia. Cliccando con il tasto destro del mouse è possibile sapere quali file sono memorizzati in uno specifico cluster sul disco fisso.
VoptXP offre diverse modalità di deframmentazione: la modalità "tradizionale" è avviabile dal menù File, Defragment. Il comando Batch defrag permette di deframmentare in automatico più unità; il menù Tools consente di accedere ad un'ampia schiera di comandi avanzati. Ricordiamo, tra tutti, Virtual memory: esso consente di deframmentare addirittura il file di swap di Windows e di ottimizzarlo al file di migliorare le prestazioni del sistema.